Это Ваша история. В моде Альтернатива, игрок играет сам за себя, может выбрать себе имя и поменять иконку, которая отображается в диалогах. Как это сделать читайте в Профиле игрока. Игра стартует после событий, которыми заканчивается Сталкер Тень Чернобыля. Перед игроком будут возникать ситуации, от выбора которых будет зависеть конец игры. На данный момент в моде "АльтернативА версия 1.2" присутствуют семь полноценных концовок: четыре за сталкера и три за военного. Глобальные выборы находятся в диалогах и они выделены оранжевым цветом.