Группа сталкеров впервые подобралась к самому сердцу Зоны - Чернобыльской АЭС, спровоцировав катаклизм, который едва не привел к катастрофе. Грандиозный Выброс аномальной энергии изменяет Зону. Проверенных и относительно безопасных дорог больше нет. Целые уровни пропадают в сполохах аномалий. Сталкеры и даже экспедиции гибнут или оказываются запертыми на пропавших территориях. Новые территории, о которых ничего не было известно со времени появления Зоны, появляются на карте Зоны. Зону продолжают сотрясать выбросы. Зона нестабильна. Аномальная активность максимальна.

В основе мода "Тайные Тропы 2" лежит аддон "Тайные Тропы". ТТ2 - это новая предыстория оригинальных "Теней Чернобыля". Новая сюжетная линия, которая переплетается, с уже известными по ТТ квестами, и которая раскрывает более глубоко причину появления главного героя в Зоне. Основная цель, которая стоит перед ним, теперь вполне конкретна и ясна.