В игре вы станете легендарным Избранным по имени Нео. Вместе с ним вы заново переживёте основные события жизненного пути Избранного. Но игра не заставляет вас играть строго по фильму. В ваших силах сделать даже то, что Нео в фильме не удалось сделать. Игра радует обновлённой механикой боёв, позволяющей атаковать сразу трёх соперников. Также уровень сложности теперь подстраивается под игрока, серьёзно улучшилась графика, появились новые персонажи и многое другое.

После провалившегося задания в Венесуэле, Адам "Кейн" Маркус, прихватив деньги, уезжает в США, считая, что все члены организации "Семёрка", на которую он работал, погибли. Кейна арестовывает полиция и ему выносят смертный приговор. Другой заключённый Джеймс Линч помогает Кейну совершить удачный побег из под стражи. После побега Линч привозит Кейна в какое-то здание, где их ждут члены организации "Семёрка". Кейн узнаёт, что его жена и дочь находятся в заложниках. "Семёрка" требует назад свои деньги и Кейн должен выполнять все их задания для спасения своей семьи.