Действия игры происходят в 1943 году, когда Третий Рейх надеялся вернуть потерянную инициативу в войне с помощью сверхестественных сил. Американское правительство начинает отправлять своих шпионов, с целью разведки планов Германии, но связь с ними прерывается. Вы начинаете игру в роли шпиона Билли Блашковича. Вас взяли в плен и поместили в камеру замка Вольфенштейн.