Минуло десять лет после событий первой части игры. В то время вам приходилось сражаться с здоровенными Большими Папочками в глубоководных гидрокостюмах, чтобы получить АДАМ от Маленьких Сестричек. Во второй части игры вы узнаете, что значит быть Большим Папочкой. Естественно, знаменитый бур будет в вашем распоряжении сразу после старта игры, но для его вращения требуется топливо. Подводный город Восторг сильно разрушился, некоторые секторы оказались под водой, но вы же в гидрокостюме. Ваша дочь похищена и необходимо немедленно отправляться на поиски!

Игра начинается с крушения авиалайнера в воды Атлантического океана. Единственный выживший - человек по имени Джек. За него вы и будете играть. Вынырнув из воды, Джек видит горящие обломки самолёта и маяк неподалёку. Зайдя внутрь маяка он обнаружил батисферу, которая доставила его в гигантский город, находящийся на дне океана. Вдруг, по радиосвязи с Джеком начал разговаривать человек по имени Атлас. Главный герой ещё не знает какие трудности и открытия его ожидают: Большие Папочки, камеры наблюдения, Маленькие Сестрички, невменяемые местные жители, турели и многое, многое другое.