В игре вы станете легендарным Избранным по имени Нео. Вместе с ним вы заново переживёте основные события жизненного пути Избранного. Но игра не заставляет вас играть строго по фильму. В ваших силах сделать даже то, что Нео в фильме не удалось сделать. Игра радует обновлённой механикой боёв, позволяющей атаковать сразу трёх соперников. Также уровень сложности теперь подстраивается под игрока, серьёзно улучшилась графика, появились новые персонажи и многое другое.

В игре вы примите непосредственное участие во многих событиях, которые хорошо знакомы всем по фильмам "Матрица" и сиквелу "Матрица: Перезагрузка". Также игра открывает для игроков события, которые остались за гранью киноленты. Вас ждут смертельные схватки с грозными агентами, паническое бегство к спасительному телефону, перестрелки с вездесущими полицейскими и охранниками, бешенные погони и многое многое другое.