Прошло несколько лет после событий первой части игры. Разбушевавшиеся титаны поставили человечество на грань вымирания. Ужасные чудовища поднялись с морских глубин и стали нападать на корабли. Игра начинается с ролика, в котором какое-то судно на всех парусах пытается добраться до города-крепости Инквизиции. Жуткий Кракен набрасывается на корабль и с оглушительным треском утаскивает его на дно.